Ядовитое растение. Внутреннее применение требует осторожности и точной дозировки. Необходимо избегать длительного применения. Оно может вызвать судороги, галлюцинации и даже явления психических расстройств. Применение полыни горькой при беременности противопоказано. Нельзя применять при язвенной болезни.